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Mlle Bille-en-tête annonce à ses élèves qu'ils vont étudier les requins. Transformé en minuscule sous-marin, le bus magique les emmène au fond de l'océan. Les enfants aperçoivent tout d'abord des requins pacifiques jusqu'au moment où ils sont avalés par un requin-tigre, l'espèce la plus dangereuse. Ils vont cependant s'en sortir grâce au courage d'Arnaud.

Raphaël a retrouvé une dent de dinosaure fossilisée dans les affaires de son arrière-grand-oncle paléontologue. Il ne sait pas à quel dinosaure la dent appartenait. Mlle Bille-en-Tête propose à toute la classe d'aller faire un tour au musée d'Histoire naturelle. Mais une mauvaise manipulation sur l'ordinateur de bord du bus magique les propulse à l'époque des dinosaures.

Mlle Bille-en-tête et sa cousine météorologiste, le docteur Nimbus, ont décidé d'emmener les enfants visiter un parc d'attractions construit autour du thème de la météo. Une fois sur place, le directeur les informe qu'il est obligé de fermer le parc car il a reçu un avis de tempête de niveau orange. La maîtresse propose aux élèves de partir en reconnaissance en ballon météo.

Après un détour par Pompéi, les élèves de mademoiselle Bille-en-Tête partent à la découverte du Piton de la Fournaise, un volcan actif de l'île de la Réunion, prêt à se réveiller. Mais voilà, Carlos n'a pas pu s'empêcher d'aller explorer un vieux tunnel de lave. Ils le retrouvent finalement sur les pentes du volcan en compagnie d'un vulcanologue. Ensemble, ils vont observer l'éruption.

La classe de Mlle Bille-en-Tête part en mer observer les baleines dans le bus magique transformé en navire. Afin d'admirer les fonds marins, les enfants embarquent par deux dans des petits sous-marins reliés par radio avec le navire. Soudain le contact est coupé. Les voilà seuls à 20.000 lieues sous les mers. Si des enfants ont l'occasion de profiter du paysage, d'autres courent bien des dangers.

Les élèves de mademoiselle Bille-en-Tête partent au pôle Sud, sur les traces des Empereurs, ces manchots qui vivent sur le continent Antarctique. M. Pétrel, l'oncle d'Ophélie, qui est ornithologue, les accompagne. Une fois sur place, les enfants doivent faire face à des conditions de vie extrêmes et affrontent les pires dangers.

La classe de Mlle Bille-en-tête part étudier les chauves-souris du parc Yosémite dans l'Ouest des Etats-Unis. Mike, le guide du parc, les accueille et tend de longs filets pour attraper les chauves-souris et pouvoir les regarder de près. Une fois la nuit tombée, les élèves, jumelles en main, observent les animaux. Un oreillard maculé, une espèce très rare, se prend même dans le filet.

La classe de Mlle Bille-en-Tête part observer les microbes dans le sandwich moisi de Kicha. Le bus, devenu microscopique, s'enfonce dans la moisissure, et, armés de casques et de bottes, les élèves étudient les différents champignons. Jusqu'au moment où une élève de CE2 ramasse le sandwich et l'envoie directement dans le bac à compost.

Mlle Bille-en-tête et sa classe partent étudier les coraux et les poissons des mers du Sud au large de la Côte Ouest de l'Australie. Derrière les hublots du sous-marin, ils admirent les poissons-clowns, les poissons-chirurgiens, les poissons-perroquets, les crevettes, les crabes, etc. Mais de nombreux dangers les guettent : une anémone et ses tentacules venimeux, une murène géante, etc.

Mlle Bille-en-tête décide d'emmener ses élèves pour un voyage en Australie. La maîtresse et sa classe font une première escale sur l'île de Tasmanie où les attend Tiki, une jeune spécialiste de la faune australienne, qui doit les aider à retrouver la trace du mystérieux oiseau : le kookabura. Mais avant d'y parvenir, les jeunes aventuriers découvrent les différents animaux qui peuplent l'île.

Carlos apporte en classe une étrange pierre. Elle appartenait autrefois à son grand-père qui faisait des recherches dans une mine désaffectée en Arizona. Mlle-Bille-en-Tête en profite pour présenter aux élèves sa propre collection de roches et décide de les emmener les étudier sur place. Ensemble, ils embarquent dans le bus magique et partent au coeur du Grand Canyon.